phpでの話です。

getcwd()とdirname(__FILE__)はカレントディレクトリのパスを取得するという点で同じように説明されますが、require(_once)やinclude(_once)が絡むと、全く異なった結果を返します。

実験として、次のようなファイルを作成しました。
C:/UsbWebServer/Root/phptest/getcwd.php
C:/UsbWebServer/Root/phptest/getcwd/dir/ect/ory/include.php

getcwd.phpはindex.phpをrequireしています。

getcwd.php

<?php

require 'getcwd/dir/ect/ory/include.php';

?>

include.phpには、getcwd()とdirname(__FILE__)の結果を出力する処理を書きました。

<?php

echo 'getcwd() : ';
var_dump(getcwd());
echo '<br />dirname(__FILE__) : ';
var_dump(dirname(__FILE__));

?>

以上の前提でgetcwd.phpを実行(ブラウザでアクセス)したところ、次のような結果になりました。

getcwd() : string(28) "C:\UsbWebServer\Root\phptest"
dirname(__FILE__) : string(47) "C:\UsbWebServer\Root\phptest\getcwd\dir\ect\ory"

上の結果をまとめると次のようになります。

getcwd()はアクセス中のファイルがあるディレクトリ
dirname(__FILE__) はそれが書かれているファイルがあるディレクトリ